目前，电子文件的管理已成为档案界关注的焦点，这是档案管理改革的一大动力，它将给档案管理学的内容增加新鲜血液，同时也向传统的档案管理提出了挑战。
电子文件的迅猛发展，给一些单位的档案人员带来“困惑”。其中有电子文件对设备的依赖性问题(计算机不断更新换代，现存版本若干年后无合适的读取设备)；也有档案的所有权问题(因文件共享、网上服务，给借阅、收集、利用工作带来挑战)。
电子文件的易更改性，令一些单位防范保密措施滞后。因对电子文件的更改可以不留任何痕迹，这就容易失去档案的原始性、真实性；由于窃密、“入侵”手段更加隐蔽、更加高明，大大增加了档案保密工作的难度。
电子文件的出现，将取代“红头”文件及领导圈阅。由于它的“虚拟”性，使档案的来源原则、凭证作用、法律效力等受到了挑战；同时，因为没有了“亲笔签字”，使电子文件的真实性受到质疑，尤其是机关事业单位的工作人员在办事情之前，总有依据领导签字为原则的老观念。
很多单位没有制定对电子文件的保护及病毒防范措施，当然就更谈不上把住入口关、利用关、定期抽查转储关。因为如果没有保护好磁盘、光盘(要选择正品、注意避光、控制好温湿度、及时转储、防止老化)或者让其带上了病毒，将是废品一堆，无任何利用价值。
怎样解决这些问题?档案工作者应加强研究,根据电子文件特点和计算机发展趋势,确定电子档案管理的原则。
档案的管理工作一般都是与文件的管理工作分开进行的。鉴于电子文件的特点，应该采取措施，将档案管理的要求向前延伸到文件管理工作中。例如，按档案管理的要求制定“文件保管期限表”，其目的是把现行的公文办理与档案保管分段管理的状况，从对电子文件连续管理的角度统一起来；编制文件与档案通用软件，以求电子文件和纸质文件的综合管理；在电子文件运作过程中，应指定专门机构和人员负责，及时登记设备环境、相关数据，以保证电子文件归档的质量；为确保归档电子文件的完整性和有效性，应从电子文件形成起，就进行妥善的管理；要按档案管理要求的格式把符合归档条件的电子文件存储到可以长期保存的脱机整体上；具有保密要求的电子文件，要有安全操作措施。
鉴于电子文件已经大量产生以及它的易更改性，应尽早明确符合国家规定程序所产生的电子文件是否具有法律认可的凭证作用。这个问题因涉及面广、利用率高(网上可超地域、超时间、超数量)、难以控制，在具体操作中，除了行政办法外，还要依靠严格的技术措施才行。
由于电子文件涉及的技术环境较复杂，采用标准化的方法进行管理会易于操作。例如统一实行“电子档案管理方法”、“电子印章和电子签名方法”、“实时登记、密码存储、防删改措施”等相关规定，从而确保电子文件的真实性。
档案工作人员应尽快提高自身素质和相关技能,除了要不断学习专业知识外，还要探索电子文件的理论，并从文件和档案管理的角度掌握电子文件的功能，理顺同软件设计人员及机构业务人员的交流渠道和交流方式，最大限度地参与、影响电子文件系统的开发和实施。
