一、公平性原则
对税收优惠进行完善离不开对税法基本原则的坚持。税法的原则就是指主权国家运用税收法律调整税收关系的规律的抽象和概括，这一规律概括税法的设立、执行与遵守，具有普遍指导意义。
对我国研发费用加计扣除政策进行完善时，也必须坚持税法的基本原则。对于公平性原则，指国家的税收征管应该使得各个纳税人的税负与其负担能力相适应，并且各个纳税人之间的负担水平应该保持平衡,既包括横向公平，也包括纵向公平。因此，加计扣除的优惠政策需要着重考虑横向公平与纵向公平。
横向公平，是指制定税收优惠政策时，应该对所有企业一视同仁，不应该有所歧视。这就要求加计扣除这一优惠政策进行完善时，对处于同一盈利能力，或者说规模一致的企业，采用相同的加计扣除率，不应该造成人为的差别。
纵向公平，要求根据量能负担的原则，对大企业与中小企业设计不同的优惠措施，要注意匹配企业之间的差距，但是又不能政策差距过大。比如政策设计应该注意对应企业的分层而分层设计加计扣除率。对于不同阶层企业，其加计扣除率应该有所不同，注重“实际效果的公平”，而不能只是“表面的公平”。
二、效率性原则
政策的设计要考虑对市场资源配置所造成的损失最小化，才能达到效率的目的。对于加计扣除优惠政策，其政策完善，既要考虑到企业适用的效率，又要考虑到税收征管的效率。对于企业适用的效率，就要求政策完善时要站在企业角度，考虑适用的难点，尽量简化项目申报以及备案管理的程序，在保证能够备查的同时降低档案管理要求，减少企业资源集中于档案管理的现象。对于税收征管的效率，要求加计扣除这一优惠政策在设计的时候，就要考虑到其审核难度，对于科技部门与税务部门的协同征管问题要更好地处理。设计更加简便的征管措施，避免对效率的浪费。
参考文献（略）
