一个新制度的适用与运行必然会与旧的制度、权利发生冲突和碰撞，因而在实践中，逐渐暴露出一些问题。这样的情况是难免要面对和解决的，这也是改革本身的意义所在，想改变现状就要做出不同于以往的方案，与旧环境产生矛盾冲突就要果断找到矛盾点所在之处并妥善处理和应对。问题被解决的时候就是整体情况向正确方向迈出一步的时候，不断用正确的方式解决问题，才能不断进步。通过对基层检察机关办理认罪认罚案件相关数据的统计以及对办案人员相关认知的问卷调查，笔者发现该制度在不同诉讼阶段存在着不同问题。这些问题冲突有之前就一直存在但由于不够明显而未被重视的，也有因为制度的实施而产生的新问题。不论问题的新旧，都在不同程度上阻碍了该制度的广泛适用，使得弊端增多。认罪认罚从宽制度与律师的独立辩护权存在冲突，且速裁程序的适用存在诸多障碍，悔罪悔罚上诉权与抗诉权之间没有得到良好平衡，应采取合理措施予以解决。
参考文献（略）
