二是医疗机构定性不清。在医疗卫生事业单位改革的过程中，很多医院成为差额拨款或自收自支事业单位，经营方式近乎企业，自主经营、自负盈亏。这样医院由供给公共服务的非营利部门蜕变成为一般营利性企业，大大削弱了其作为公共医疗卫生服务供给部门的使命。从根本上看，正是由于单位性质的定性不清，使得医院为了生存和发展，放弃了原有的责任和义务，成为追逐商业利益为目标的企业，同时基于优质医疗资源的稀缺性，从而导致医疗服务非均衡化和医疗费用的上涨，损害了人民群众的利益，出现了看病难、看病贵的现状。
三是医疗供给不均。对医疗机构来说，中国医改目前存在以下几个方面的问题，医疗机构的公益性和盈利性不分、医药不分、管办不分。卫生资源总体不足，当前的医疗资源总体供给与人民群众日益增长的健康需求不成正比，这是医疗体制、医患关系中存在根本的矛盾。人民群众对医院的意见集中体现在看病难、看病贵、服务质量低、药价虚高等方面，一些问题长期得不到解决。现代社会竞争日益加剧，人们生活压力增大，人们对生活质量、生存质量的要求越来越高，这些变化客观上导致人们医疗需求的增加，使得医疗卫生服务需求的多样性与现有医疗条件的单一性之间的矛盾逐步显现深化。
四是医疗保障不足。医疗保险覆盖面很小、有失公平、保障水平不高、个人负担比例过高、城镇不同人群享受的医疗保障待遇差距较大，由于医疗卫生服务供给的城乡二元体制的差别，导致城乡居民享受的医疗保障待遇差距巨大，城乡医疗卫生资源分布严重不均。新农合制度报销比例偏低，农村居民收入水平低、教育水平低、自我保健水平低，常常出现要么不生病、一生病就是大病，因病致贫、因病返贫已成为当前我国扶贫工作一大症结。现行城镇医疗保障制度的对象是就业人员及符合条件的退休人员，还有很大一部分少年儿童、老年人及无法就业人员排除在外。这样的制度下必然会导致这样的结果：一部分人群基本医疗需求难以得到保障，而另一部分人群过度保障，社会公平得不到体现，从而影响经济和社会的发展，带来各种消极后果。在这种医疗保障严重不足，医疗保障十分不均的情况下，会出现体制外的人以各种方式侵蚀体制内的医疗资源的问题；同时一部分人过度医疗，一部分缺乏基本医疗；医疗保障的差异已成为社会分配不公的重要体现。
一是医疗机构市场化程度低，市场竞争不充分。市场化的结果就是竞争，竞争的结果就是要向消费者提供好的服务和有竞争力的价格，否则将无法在市场中立足。没有形成市场化条件下的优胜劣汰机制，医疗机构的自我发展动力不强，危机意思不强。在这样工作环境中医务人员的工作积极性和职业操守也受到很大程度的限制。
二是医疗机构收费体系控制得过严，体现不出市场的价值。从政府管制角度看，政府失灵导致看病贵，看病难导致看病贵，这是经济学的客观规律。供求关系决定价格，商品供不应求，市场如果是自由竞争，那么其均价自然会提高；而价格高导致市场进入者增加，进而增加供给导致价格下跌。因此在完全的竞争环境中，看病难、看病贵不是普遍现象。但现实是医疗资源属于稀缺资源、垄断资源。
三是医药领域市场化与医疗服务公共性之间的矛盾。从根源看，原因主要表现在医疗服务的公共性与商业化，市场化之间的矛盾。一是医疗保障的市场化，医疗保障市场化是指通过商业性的医疗保险，以资源性为主，为民众提供医疗保障。二是医疗服务的市场化，其实就是讲医疗服务的供给方式问题，原有的方式是由国家直接投资医院，事业单位模式允许。而现在国家投入比例越来越低。我国医疗卫生行业，在供给层面基本走向商业化，市场化的服务提供模式。我国医疗机构的管理经营方面也转向企业管理经营模式，医院之间趋于竞争。在需求层面，医疗服务的公共物品属性越来越多地演变为私人消费品属性。医疗体制变革基本走向商业化、市场化，在一定程度上带来的医疗水平的提高等各方面的进步，但是与此同时，体制变革的时候也带来消极后果，即医疗服务的公平性下降以及卫生投入的效率下降。 四是医务人员的正常待遇偏低。毫无疑问，我认为医生当然应该是“高收入群体”，全世界都是如此。但是从收入分配角度看，中国是例外，医疗改革没有解决这个问题。医疗行业是一个专业性强、技术性要求高的工作，医务人员的工作压力大、精神压力大，同时存在相当高职业风险，甚至是人身安全风险。但其收入相较其他行业却偏低很多，在市场经济的大环境下的价值评价之下，乱收费、乱开药等不良情况的增多，影响医务人员的职业操守。现在有些医生得到了“高收入”，但从偶见网络的医疗回扣门事件看，相当多数的医生是通过“红包”、或者“开检查”、“开药”的回扣。这是一种阴暗的灰色收入造就的高收入，它在某种意义上，加剧了日益紧张的医患关系，甚至会给部分医生带来心理负担，使他们良心不安。这不是医生这一职业所应当得到的、天经地义的高收入。
二是推动城乡均衡发展。努力平衡城乡之间的医疗差距，建立覆盖全民的医疗保障制度。打破城乡二元制度，统筹城乡医疗保障制度。扩大医疗保险覆盖面，建立覆盖我国城乡全体居民的医疗保障制度，扩大城镇基本医疗保险和新型农村合作医疗的收益人群并且逐步减小两者之间的差距，合理有效配置卫生资源，让城乡居民能够获得均衡的医疗服务。
四是健全我国医疗保险体系。在现有保险体系的基础上增加医疗救助、健康体检、商业保险等不同保障体系来覆盖全民，实行积极的疾病治疗政策。重视疾病预防和健康教育。医疗卫生公共服务不仅仅是“救死扶伤”，应该广泛开展疾病预防和健康体检等项目。现代医学证明，一些疾病的早发现、早治疗是完全可能的，一些有规律的自检或体检能够起到较大的作用。
五是借鉴国外经验。发达国家和地区在医疗体系建设上，具有诸多前瞻性理论和经过充分实践的经验值得我们学习。如英国模式，其主要是政府举办和管理医疗机构，实行垂直管理；允许有私人医疗机构，公立医院承担全民基本医疗，私立医院是公立医院的补充；德国模式等国外好的经验。日本于2008年制定了“特定身体检查”与“特定保健指导”两大政策。各医疗卫生服务机构可以使用保险金开展“身体检查”和“保健指导”。也就是说以前仅做疾病治疗的保险金，也可以用于疾病预防，这是一项根本性的制度改革。在我国未来的医疗制度设计中，应在立足国情的基础上，认真学习国外经验，并加以创新，以全面提升我国医疗体系层次。
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