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结论
本文利用公开数据库中SARSr-CoV的165条基因组序列数据,根据其感染宿主的不同分为感染蝙蝠、果子狸、人类的三组SARSr-CoV,使用现有处理软件以及多种编程语言灵活编写所需脚本,,中微卫星进行数量统计,类型统计以及微卫星在不同区域上的分布特征以探究微卫星在SARSr-CoV基因组中的分布模式以及三组感染不同宿主的SARSr-CoV之间微卫星的差异。结果显示,感染不同宿主的SARSr-CoV的基因组碱基序列相似度很高(>80%),且165条序列GC含量几乎完全相同,但其微卫星的数量,类型以及在基因组上的分布模式都具有差异性。由此提示微卫星可以作为物种微进化分析中的有效手段。究其原因,是由于微卫星序列是基因组中极易突变的序列,但其突变仅改变微卫星序列中重复单元的重复数量,而不改变碱基组成。故在进化程度相近,进化时间较短的基因组比较中,可以选用微卫星作为突破口进行微进化研究分析。
在第二章中,研究了感染不同宿主的SARAr-CoV中165条基因组序列中微卫星序列的发生和分布情况。得到以下结论:(1)感染不同宿主SARSr-CoV基因组序列相似程度大,说明在三组SARSr-CoV之间进化时间短,且其基因组中微卫星长度普遍偏短,同样映射出三组SARSr-CoV之间进化时间短。(2)虽然三组SARSr-CoV基因组序列相似度高,但无论是组内,还是组间微卫星的数量分布均具有差异性。(3)除了数量之外,不同重复单元类型的微卫星具有更明显的差异。这都支持了微卫星分布情况与碱基组成没有显著的关系的研究[61, 62]。其中,主要的微卫星组间差异体现在一型微卫星中,感染不同宿主的 SARSr-CoV基因组中一型微卫星存在着巨大的差异性,提示一型微卫星在SARSr-CoV的进化过程中对跨宿主感染起到重要的作用;不同重复单元的二型微卫星无论在三组SARSr-CoV组间还是组内都十分稳定,说明二型微卫星可能起到重要的生理作用,若二型微卫星发生较大数量突变会导致SARSr-CoV个体无法存活;三型微卫星中,人类与果子狸的SARSr-CoV基因组中不同重复单元的三型微卫星数量高度一致,但蝙蝠与前两者相差较远,且存在其独有的三型微卫星重复类型,此外,三型微卫星在蝙蝠SARSr-CoV组内差异性也较大,推断三型微卫星在蝙蝠SARSr-CoV中的作用为为蝙蝠SARSr-CoV提供丰富的基因库储备,引起非典大爆发的非典冠状病毒可能是由具有丰富基因库的蝙蝠SARSr-CoV中一个种群突变而来。蝙蝠SARSr-CoV三型微卫星的多样性,为其提供了丰富的基因库,以适应复杂的环境,并可能使其最终获得了快速跨宿主传播的能力。
参考文献(略)