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非典冠状病毒基因组中微卫星序列宿主特异性比较分析

日期:2020年02月27日 编辑:ad201107111759308692 作者:无忧论文网 点击次数:2068
论文价格:150元/篇 论文编号:lw202002162226537753 论文字数:33655 所属栏目:医学论文范文
论文地区:中国 论文语种:中文 论文用途:硕士毕业论文 Master Thesis
的一至四型微卫星分别统计作图,以显示微卫星的区域特异性分布,从可以调整的分割区域得到精度不同的微卫星区域特异性分布模式图像,并通过微卫星区域特异性分布图发现在具体区域中三组 SARSr-CoV 的微卫星宿主特异性特征。

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结论


本文利用公开数据库中SARSr-CoV的165条基因组序列数据,根据其感染宿主的不同分为感染蝙蝠、果子狸、人类的三组SARSr-CoV,使用现有处理软件以及多种编程语言灵活编写所需脚本,,中微卫星进行数量统计,类型统计以及微卫星在不同区域上的分布特征以探究微卫星在SARSr-CoV基因组中的分布模式以及三组感染不同宿主的SARSr-CoV之间微卫星的差异。结果显示,感染不同宿主的SARSr-CoV的基因组碱基序列相似度很高(>80%),且165条序列GC含量几乎完全相同,但其微卫星的数量,类型以及在基因组上的分布模式都具有差异性。由此提示微卫星可以作为物种微进化分析中的有效手段。究其原因,是由于微卫星序列是基因组中极易突变的序列,但其突变仅改变微卫星序列中重复单元的重复数量,而不改变碱基组成。故在进化程度相近,进化时间较短的基因组比较中,可以选用微卫星作为突破口进行微进化研究分析。

在第二章中,研究了感染不同宿主的SARAr-CoV中165条基因组序列中微卫星序列的发生和分布情况。得到以下结论:(1)感染不同宿主SARSr-CoV基因组序列相似程度大,说明在三组SARSr-CoV之间进化时间短,且其基因组中微卫星长度普遍偏短,同样映射出三组SARSr-CoV之间进化时间短。(2)虽然三组SARSr-CoV基因组序列相似度高,但无论是组内,还是组间微卫星的数量分布均具有差异性。(3)除了数量之外,不同重复单元类型的微卫星具有更明显的差异。这都支持了微卫星分布情况与碱基组成没有显著的关系的研究[61,  62]。其中,主要的微卫星组间差异体现在一型微卫星中,感染不同宿主的 SARSr-CoV基因组中一型微卫星存在着巨大的差异性,提示一型微卫星在SARSr-CoV的进化过程中对跨宿主感染起到重要的作用;不同重复单元的二型微卫星无论在三组SARSr-CoV组间还是组内都十分稳定,说明二型微卫星可能起到重要的生理作用,若二型微卫星发生较大数量突变会导致SARSr-CoV个体无法存活;三型微卫星中,人类与果子狸的SARSr-CoV基因组中不同重复单元的三型微卫星数量高度一致,但蝙蝠与前两者相差较远,且存在其独有的三型微卫星重复类型,此外,三型微卫星在蝙蝠SARSr-CoV组内差异性也较大,推断三型微卫星在蝙蝠SARSr-CoV中的作用为为蝙蝠SARSr-CoV提供丰富的基因库储备,引起非典大爆发的非典冠状病毒可能是由具有丰富基因库的蝙蝠SARSr-CoV中一个种群突变而来。蝙蝠SARSr-CoV三型微卫星的多样性,为其提供了丰富的基因库,以适应复杂的环境,并可能使其最终获得了快速跨宿主传播的能力。 

参考文献(略)