学校创办于1934年，时名湖南国医专科学校，1960年改办为普通高等本科学校湖南中医学院，2002年湖南省中医药研究院与湖南中医学院合并，2006年经教育部批准更名为湖南中医药大学。目前，湖南中医药大学与湖南省中医药研究院实行校院合一的管理体制。
学校有含浦校区、东塘校区2个校区，占地面积1392亩，校园环境幽雅，风景宜人。下辖14个学院：中医学院、针灸推拿学院、人文信息管理学院、第一中医临床学院、第二中医临床学院、临床医学院、中西医结合学院、药学院、国际教育学院、湘杏学院、医学院、护理学院、成教学院、高等职业技术学院；3个部：研究生部、社会科学部、体育艺术部；10个研究所：中医诊断研究所、针灸经络研究所、中西医结合研究所、中药开发研究所、医史文献研究所、中医内科病研究所、中医外伤病研究所、中医五官科病研究所、药膳食疗研究所、高等教育研究所；12所附属医院：第一附属医院（国家中医临床研究基地）、第二附属医院（湖南省中医院、全国重点建设中医院）、附属中西医结合医院（湖南省中医药研究院附属医院、全国重点建设中西医结合医院）、附属人民医院（湖南省脑科医院、湖南省第二人民医院）、附属第二中西医结合医院（浏阳市中医医院）、附属常德医院（常德市第一中医医院）、附属衡阳医院（衡阳市中医医院）、附属洛阳骨伤医院（河南省洛阳骨伤医院）、附属深圳福田医院（深圳市福田中医院）、附属岳阳医院（岳阳市中医医院）、宁乡医院（宁乡县人民医院）、附属重庆垫江中医院、附属长沙医院（长沙市中医医院、长沙市第八医院）。6个中心：全国肝病中医医疗中心、全国眼底病中医医疗中心、全国皮肤疮疡病中医医疗中心、湖南中药超微工程研究中心、湖南国际针灸培训中心、现代教育技术中心。
