昆明医科大学前身是昆明医学院，昆明医科大学是云南省最大的集教学、医疗、科研为一体的高等医学院校，昆明医科大学历史悠久，办学历史可以追溯到创建于1933年的东陆大学医学专修科，1956年独立建院。78年来，培养的7万余名高级医学人才扎根边疆，服务基层，为云南医药卫生事业和经济社会发展及促进民族团结、维护边疆稳定做出了卓越贡献。2012年学校正式由昆明医学院更名为昆明医科大学。
学校1981年成为全国首批硕士学位授予单位，1993年被列为省属重点院校，1996年获准具有开展在职人员以同等学力申请硕士学位工作资格，1998年获准为博士学位授予单位，2000年和2003年分别成为临床医学、口腔医学硕士专业学位授权试点单位，2006年批准为开展推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士研究生工作单位。2007年，在教育部本科教学工作水平评估中获得优秀。2009年获公共卫生专业硕士学位授予权。2010年新增第二个博士后科研流动站。2011年获临床医学一级学科博士学位授予权。拥有医学副教授职称评审权和留学生招生权。2012年经教育部同意更名为昆明医科大学。
