学校的前身可追溯到1912年在杭州建立的浙江医学专门学校，原名“浙江第二医学院”，1958年8月由浙江医学院从杭州分迁至温州建立，当年开始招收五年制本科学生。现有临床医学一级学科博士点，18个二级学科博士点；有临床医学、中药学、生物学、生物医学工程、基础医学、中西医结合、药学等7个一级学科硕士点，48个二级学科硕士点；有4个专业硕士学位授权点，设有临床医学一级学科博士后科研流动站。现有30个本科专业和1个七年制本硕连读专业，涉及医学、理学、管理学、文学、法学、工学、教育学等七大学科门类。拥有推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位资格。现有1个省部共建国家重点实验室培育基地、8个省部级重点实验室（研究中心），4个浙江省“重中之重”重点学科、10个浙江省重点学科。
